犬细小病毒感染F81细胞的microRNA表达谱差异分析

【作者】 周宏专； 苏霞； 徐福洲； 林路路； 张进； 齐颀； 杨兵；

【机构】 北京市农林科学院畜牧兽医研究所畜禽疫病防控技术北京市重点实验室；

【摘要】 犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)是犬科动物最常见的、危害最严重的致病因子之一。CPV病毒经过不断变异,最初的CPV-2型已分化为CPV-2a、CPV-2b、New CPV-2a、New CPV-2b和CPV-2c等5种亚型,所有亚型在我国均有报道。研究表明,MicroRNA (miRNA)可通过与病毒核酸或宿主因子相互作用,调控病毒的复制。但CPV感染过程中,miRNA调控病毒复制的分子机制报道较少。为进一步阐明miRNA在CPV感染过程中的作用,本研究将研究室前期分离的New CPV-2a型SD6毒株感染F81细胞,利用高通量small RNA-seq(sRNA-seq)技术对CPV感染组和未感染组各3例细胞样本进行检测,获得两组F81细胞的miRNAs表达谱并进行差异分析。感染组与未感染组相比,上调的miRNAs有59个,下调的miRNAs有44个(|log2FC|>1且P<0.05为标准)。通过miRanda软件对差异表达的miRNAs靶基因进行预测,并对靶基因进行GO和KEGGPathways分析;结果显示,对应靶基因具有ATP、DNA和RNA结合功能,蛋白质激酶活性,以及锌和钙等金属离子结合功能,并参与转录调控、信号转导、细胞粘附、蛋白质磷酸化、信号转导和细胞分化等多种生物学过程。研究结果表明,CPV感染对F81细胞中miRNA表达水平影响显著,获得的miRNA表达谱数据为进一步研究CPV感染宿主的致病机制提供参考。更多还原