基于16S rDNA测序技术研究贝氏隐孢子虫和禽致病性大肠杆菌共同感染对雏鸡肠道菌群的影响

【作者】 黄燕； 陈宇； 米荣升； 左家坤； 韩先干； 刘永杰； 陈兆国；

【机构】 中国农业科学院上海兽医研究所农业部动物寄生虫重点实验室农业部动物产品质量安全生物性危害因子风险评估实验室(上海)； 南京农业大学动物医学院；

【摘要】 目的贝氏隐孢子虫和禽致病性大肠杆菌皆是主要寄生于雏鸡呼吸道和消化道黏膜上皮细胞内,为深入了解两者感染雏鸡后对其肠道菌群的影响。方法本试验将1日龄SPF级巴布考克雄鸡分为E.coli DE17和C.baileyi先后感染组(A组)、C.baileyi单独感染组(B组)、C.baileyi和E.coli DE17同时感染组(C组)和健康对照组(N组)。接种后第3、9、15、21和27天采集粪样,提取DNA后采用16S rDNA高通量测序并进行生物信息学分析。结果 4组雏鸡肠道微生物有效数据率在0.850以上,丰度排名前三的优势门分别为厚壁菌门、变形菌门和拟杆菌门;Chao1、Shannon和Simpson三项指数表明,感染组雏鸡在感染前期肠道菌群多样性降低,后期逐步恢复到N组肠道菌群多样性水平;从属水平分析发现,相对丰度排名第一、第二位的分别为乳酸杆菌属和大肠志贺氏杆菌属,A组和C组的乳酸杆菌属的丰度明显低于N组而大肠志贺氏杆菌属则显著高于N组,且两者一直处于此消彼长的状态;相较于N组,感染组在瘤胃球菌属和布劳特氏菌属中的丰度前期降低,后期才缓慢上升至接近N组;与以上结果相呼应的是感染组在心血管疾病等方面风险显著增加。结论 E.coli DE17和C.baileyi的共同感染造成雏鸡肠道微生物多样性降低,菌群结构发生变化;虽然后期感染组肠道菌群恢复,但是由于菌群紊乱造成的心血管疾病风险增加已经发生。更多还原