利用SNP标记估计西门塔尔牛亲缘关系系数的准确性

【作者】 张静静； 高会江； 吴洋； 朱波； 齐欣； 高雪； 张路培； 陈燕；

【机构】 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所；

【摘要】 本研究旨在利用SNP标记估计西门塔尔牛亲缘关系系数,以期准确确定估计个体间亲缘关系系数所需的SNPs数量。研究以1 059头出生于2008至2012年的西门塔尔牛为研究群体,利用Illumina 770k SNP芯片,根据最小等位基因频率(MAF)区间,分别选择100、500、1 000、1 500、2 000、2 500和3 000个SNPs用于个体间亲缘关系系数的估计。结果显示,随着标记数目的增多,估计的亲缘关系系数准确性逐渐增加。且当SNP标记数目达到2 500时估计的亲缘关系系数与利用所有标记估计的个体间亲缘关系系数差异不显著,二者相关系数达到0.89以上。然而,目前利用全基因组高密度SNP芯片进行个体间亲缘关系系数计算的研究在国内尚处于初级阶段,本研究则为基于SNP标记信息估计亲缘关系系数的进一步研究提供了理论基础,同时为西门塔尔牛群体个体间亲缘关系的研究提供依据。更多还原