禽流感病毒A/duck/Hubei/W1/2004(H9N2)的基因组序列分析及其分子进化

【作者】 徐晓娟； 徐高原； 周红波； 宋云峰； 金梅林； 陈焕春；

【机构】 华中农业大学动物医学院动物传染病研究室；

【摘要】 合成8对引物,通过RT-PCR(reverse transcription-polymerase chain reaction)扩增了禽流感病毒A/duck/Hubei/W1/2004(H9N2)(Dk/Hub/W1/04)全长的8个基因片段,所得的cDNA(complementary DNA)进行了序列分析,结果显示,PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M和NS基因的大小依次为2341bp、2341bp、2233bp、1742bp、1565bp、1457bp、1207bp和890bp,以上序列在GeneBank的登陆号为:DQ465397～DQ465404。将该毒株与我国前期一些H9N2代表性毒株的基因序列进行了同源性比较,结果表明,其8个基因与我国河北分离的A/chicken/Hebei/31/2000(H9N2)毒株的同源性为99.0～99.9%,与香港地区的毒株A/Duck/HongKong/Y280/97(H9N2)(Dk/HK/Y280/97)的同源性为97.8～99.3%,与我国最早分离到的H9N2的禽流感毒株A/Chicken/Beijing/1/94(H9N2)(Ck/Beij/1/94)的同源为94.5～98.2%。分子进化分析表明,Dk/Hub/W1/04毒株的8个基因片段都来源于Ck/Beij/1/94毒株,其中HA和NA基因与Dk/HK/Y280/97毒株形成两个平行的亚群同时进化,而6个内部基因是由来源于Ck/Beij/1/94的Dk/HK/Y280/97毒株进一步进化而来。进一步对该毒株HA蛋白的预期氨基酸序列进行了分析,发现其的裂解位点为R-S-S-R(Arg-Ser-Ser-Arg)模式,受体结合位点的226位为谷氨酸(Gln,Q),这些特征与Ck/Beij/1/94毒株的一致。此外,Dk/Hub/W1/04毒株6个内部基因与湖北地区分离到的高致病性H5N1禽流感病毒A/chicken/Hubei/327/2004(H5N1)的同源性为88.0～99.1%,进化关系也较远。总之,以上结果表明,Dk/Hub/W1/04是一株遗传进化上相对稳定的、保持了禽源特征的H9N2亚型流感病毒毒株。更多还原