迁地保护对藏野驴（Equus kiang）肠道菌群组成及功能的影响

【作者】 高红梅； 江峰； 张婧捷； 宋鹏飞； 李斌； 蔡振媛； 张同作；

【机构】 中国科学院西北高原生物研究所； 青海省动物生态基因组学重点实验室； 中国科学院大学；

【摘要】 迁地保护是除就地保护之外对濒危野生动物保护的一种主要方式,动物园是迁地保护的重要场所,为了探讨迁地保护对野生的肠道菌群的影响,本研究以野生和动物园的藏野驴(Equus kiang)为研究对象,对其粪便样品进行宏基因组测序,并基于KEGG数据库和CAZy数据库分析肠道菌群的功能;结合抗性基因和核心菌群的共生网络,分析不同的生存环境对藏野驴肠道菌群的影响。结果表明:野生藏野驴的优势肠道菌门中的拟杆菌门丰度显著高原圈养组,且基于CAZy数据库的level 1和level 2水平功能注释分析指出,大多数碳水化合物活性酶的种类及丰度显著增强,这些变化有利于消化并利用禾本科、莎草科和菊科等植食性食物。野外冬季藏野驴肠道菌群中的厚壁菌门与拟杆菌门丰度比值(F/B)显著降低,各项代谢功能增强,属水平下核心菌群的共生网络更加复杂,肠道菌群组成及丰度的可塑性对野生藏野驴适应环境具有重要作用。圈养藏野驴肠道菌群中的厚壁菌门较野外显著增加,基于KEGG数据库在level 2水平上功能注释指出,各种代谢功能显著增强。潜在致病菌分析和抗性基因结果表明,圈养藏野驴潜在致病菌和抗性基因的种类及丰度高于野生组,圈养藏野驴本就面临潜在的致病风险,在多种抗生素和药物的作用下,圈养藏野驴肠道菌群的耐药性选择压力增加,在影响体内耐药微生物组的组成和丰度的同时,也使得疾病的治疗将变得越来越困难。在迁地保护中,建议通过改善食物配比,减少抗生素等药物的使用,及时清理动物粪便,减少致病菌的交叉传播,定期监测野生的粪便中潜在致病菌的丰度等措施,改善并增强圈养野生动物肠道菌群的稳定性,以达到保护野生动物的目的。更多还原