基因组学初探豺濒危遗传机制

【作者】 吴晓阳； 刘刚； 王希宝； 商永泉； 周生扬； 张洪海；

【机构】 曲阜师范大学生命科学学院；

【摘要】 豺(Cuon alpinus)是我国重要的犬科动物之一,又名红狗、亚洲野犬、印度野犬,隶属于食肉目犬科豺属,豺为群居动物,栖息地种类多样,能够适应大多数的栖息环境,曾广泛分布于中亚、东亚和东南亚地区,是生态系统中重要的顶级捕食者,在维持生态平衡、调节生态系统功能结构中扮演着重要角色。豺在2004年被IUCN濒危红色物种名录列为濒危(EN),在我国也被列为国家一级保护动物。近年来随着人类的捕杀、栖息地的破坏等因素,豺的数量急剧下降,甚至出现了种群区域性灭绝的情况,所以豺的种群保护工作迫在眉睫。之前对豺的研究多数集中于野外种群宏观调查方面,后期本课题组针对性的对豺线粒体基因组和肠道菌群进行了研究,初步确定了豺系统发育地位和肠道菌群组成。随着高通量测序技术的发展,动物基因组学研究开始广泛应用于野生动物保护工作中,物种全基因组包含的庞大信息,为物种的鉴定分类、探究物种对环境的适应机制、了解物种的遗传机制以及发掘重要功能基因提供了坚实的数据支撑。但是豺基因组学的研究未见报道。本研究以豺为研究对象,采用三代测序技术对豺的全基因组进行测序分析,校正后的基因组大小为2.42Gb,通过Hi-C辅助组装使基因组达到染色体水平,组装到染色体水平的序列共有39条。同时运用比较基因组学的手段将豺和犬科部分物种进行对比分析,同时对豺基因功能、表达通路等进行探究,进一步明确了豺在犬科的系统发育地位,初步了解了豺的濒危遗传机制,掌握了豺显著富集的功能基因和表达通路,弥补了豺基因组学研究的空白,为进一步研究豺种群濒危遗传机制、完善种群保护措施和开展豺群体遗传学研究提供完备的基础资料。更多还原