甘薯褪绿矮化病毒山东分离物的全基因组序列克隆及其进化重组分析

【作者】 孙晓辉； 吴斌； 洪浩； 辛志梅； 辛相启； 姜珊珊；

【机构】 山东省农业科学院植物保护研究所山东省植物病毒学重点实验室；

【摘要】 甘薯褪绿矮化病毒(sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)隶属于长线形病毒科(Clos teroviridae)毛形病毒属(Crinivirus),基因组由两条正义单链RNA组成,RNA1编码的蛋白主要参与病毒的复制,RNA2编码蛋白主要负责病毒的包装和运输,是危害甘薯作物的重要病害之一。为明确SPCSV的分子特征及其进化和重组关系。研究利用RACE和RT-PCR结合的技术对SPCSV山东分离物SDGS进行克隆并获得其全基因组序列(GenBank登录号:OQ427343和OQ427344),并采用MEGA7和RDP 4.1软件进行系统进化树构建和重组分析。结果表明,RNA1链包含4个ORF,长度为8 526 nt,5’UTR和3’UTR长度分别为89 nt和82 nt。其中,ORF1a (90～6 053 nt)编码类木瓜蛋白酶、甲基转移酶和解旋酶;ORF1b (6 052～7 569 nt)编码RdRp;ORF2 (7 583～8 272 nt)编码RNse3、ORF3 (8 277～8 444 nt)编码p7。RNA2链包含9个ORF,长度为8 227 nt,5’UTR和3’UTR长度分别为191 nt和312 nt。其中,ORF4(192～329 nt)编码p5.2,ORF5 (333～467 nt)编码p5,ORF6 (406～534 nt)编码p5.1,ORF7 (879～2 543 nt)编码HSP70,ORF8 (2 565～4 121 nt)编码p60,ORF9 (4 103～4 324 nt)编码p8,ORF10 (4 352～5 125 nt)编码CP,ORF11 (5 128～7 182 nt)编码CPm,ORF12 (7 187～7 915 nt)编码p28。SPCSV可分为东非株系(East African,EA)和西非株系(West African,WA),本研究中SPCSV归属于WA株系,利用RDP4软件进行重组分析发现SPCSV SDGS分离物与秘鲁分离物(HQ291259)存在重组现象。SPCSV在中国的暴发,严重影响了甘薯的经济效益,研究扩增分析了SPCSV的基因组序列,对SPCSV的变异现状和进化趋势具有一定的参考价值。更多还原