东方蜜蜂微孢子虫孢子中miRNA的鉴定与分析

【作者】 赵浩东； 陈大福； 郭睿；

【机构】 福建农林大学动物科学学院(蜂学学院)； 福建省蜂疗研究所；

【摘要】 本研究旨在丰富东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)的miRNA信息,并为深入探究miRNA在病原孢子和病原侵染中的功能提供理论和实验依据。基于已获得的small RNA-seq数据,利用生物信息学软件对东方蜜蜂微孢子虫的纯净孢子中的miRNA进行鉴定和分析。采用Stem-loop RT-PCR检测已鉴定的miRNA的表达;通过分子克隆与Sanger测序验证miRNA的序列。使用TargetFinder软件预测这些miRNA的靶基因,并对靶基因进行数据库注释。根据miRNA与靶基因的靶向结合关系构建调控网络,再利用Cytoscape软件进行可视化。在东方蜜蜂微孢子虫孢子中共鉴定到10个miRNA;这些miRNA的长度分布介于21～25 nt,首位碱基表现出U偏向性,每一位碱基的偏向性差异明显。Stem-loop RT-PCR检测结果表明这10个miRNA均真实表达;Sanger测序结果证实了随机选取的其中2个miRNA的序列真实性。共预测出249个靶基因,其中分别有249,118,136和3个靶基因可注释到Nr,Swiss-Prot,KOG和eggNOG数据库。此外,分别有134和71个靶基因可分别注释到GO数据库的30个功能条目和KEGG数据库的54条通路。研究结果证实了东方蜜蜂微孢子虫孢子中miRNA的存在和表达,并揭示这些miRNA通过调控潜在靶基因的表达参与孢子的生命活动。更多还原