侵染滇重楼的一种Coguvirus属新病毒的鉴定

【作者】 陈泽历； 王喆； 高丽珂； 李尚贇； 陈潞； 文国松； 赵明富；

【机构】 云南农业大学农业生物多样性控制病虫害教育部重点实验室； 云南农业大学农学与生物技术学院； 云南农业大学功能产品研究中心；

【摘要】 白纤细病毒科(Phenuiviridae)是布尼亚病毒目中新增的一个科,而Coguvirus属是近年来成立的一个新属,已划分到白纤细病毒科。目前Coguvirus属多数成员为暂定种。滇重楼(Paris polyphylla var.yunnnensis)是一种具有重要药用价值的药用植物,其干燥根茎已成为70多种流行专利药中必不可少的成分。近年来,本课题组前期病害调查发现滇重楼病毒病发生严重,通过RNA-Seq (Illumina HiSeqTM 2500平台)技术对表现褪绿和花叶症状的样品进行了分析,鉴定到一种Coguvirus属的新病毒,暂命名为滇重楼负链病毒(Yunnan paris negative-stranded virus,YPNSV)。依据测序获得的12个病毒重叠群(contigs)设计8对特异性引物进行RT-PCR扩增,3’和5’RACE试剂盒用于扩增末端序列,最终通过Sanger测序获得该病毒的全基因组序列。通过多重比对分析发现,该病毒RNA1,RNA2推导的氨基酸序列与Coguvirus属成员的依赖于RNA的RNA聚合酶(RdRp),运动蛋白(MP),核衣壳蛋白(NP)区域的氨基酸序列一致性在14.2%～69.1%。该病毒的基因组结构与Coguvirus属成员相似,RNA1由6616个核苷酸组成,包含一个开放阅读框(Open reading frame,ORF)在正义链上编码一个250.97 kDa(p251)的蛋白,p251包含布尼亚病毒RdRp区域典型的保守基序(PremotifA and motifs A-E)。RNA2是双义编码,由2864个核苷酸组成,ORF2a和ORF2b被富含A和U碱基的基因间隔区域(410 nt)分隔开。ORF2a编码46.20 kDa (p46)的MP蛋白;ORF2b编码一个38.68 kDa(p39)的蛋白,p39包含白纤细病毒科NP蛋白的典型保守域(Tenui_N super family domains,accession cl05345)。对p251和p39的蛋白序列进行系统发育分析,发现该病毒与Coguvirus属成员聚为一簇,与西瓜皱缩病毒2号(Watermelon crinkle leaf-associated virus2,WCLaV-2)单独聚为一支。在RdRb和NP蛋白区域,与WCLaV-2的氨基酸序列一致性较低,仅为69.1%和60.9%。本研究首次从滇重楼上鉴定到负链RNA病毒,依据国际分类委员会对Coguvirus属新种的划分标准的建议,该病毒可以认定为Coguvirus属的一个新种。更多还原