细粒棘球绦虫表面抗原EpC1的生物信息学分析

【作者】 路鹏霏； 包永星； 田梦潇； 赵商岐； 武娟； 郭刚； 齐文静； 李军；

【机构】 新疆医科大学第一附属医院； 新疆医科大学；

【摘要】 目的:运用生物信息工具分析细粒棘球绦虫表面抗原EpC1的结构域、抗原表位等信息。方法:EpC1氨基酸序列经NCBI数据库中下载,用ProtParam (性质)、SignaIP-5 (信号肽)、Euk-mPLoc 2.0 (亚细胞定位)、ProtScale、SOSUI、DNASTAR(亲疏水性)、SOMPA(二级结构)、NetPhos(磷酸化位点)、MotifScan(修饰位点)、Swissmodel (三级结构)、TMHMM (跨膜区域)工具分析,ABCpred、IEDB预测B细胞抗原表位、SYFPEITHI预测T细胞抗原表位。结果:EpC1是由174氨基酸序列组成,分子式为C884H1403N245O268S9,不稳定指数为46.27,为亲水蛋白,无信号肽,无跨膜区,且定位于细胞膜及细胞质中。二级结构中α螺旋44.25%,β折叠14.94%,β转角5.75%,无规则卷曲35.06%,EgEpC1具有能与HLA-A*02-01有结合能力,且能被HLA-DRB*0401 (DR4Dw4)分子呈递。结论:通过生物信息学预测EpC1理化情况及抗原表位情况预测该蛋白具强抗原性,含有钙结合结构域,这些信息为该蛋白的生物学功能研究及细粒棘球绦虫感染的疾病的防治研究及蛋白免疫实验奠定了基础。更多还原