聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术分析1只死亡野生川金丝猴胃肠道菌群多样性

【作者】 曾燕； 牛李丽； 邓家波； 王强； 余建秋； 李杨； 周梦佳； 徐帅； 林奕岑； 曾东； 倪学勤；

【机构】 四川农业大学动物医学院动物微生态研究中心； 成都动物园； 四川省畜牧科学研究院；

【摘要】 本试验首次对一只野生死亡川金丝猴的胃肠道菌群多样性及其克隆测序条带的系统发育树进行分析。取川金丝猴胃肠道内容物,进行聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(Polymerase chain reaction-denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)分析,结合条带的克隆测序、聚类分析和主成分(Principal components analysis,PCA)分析检测菌群多样性及其系统发育树。川金丝猴整个胃肠道栖息着大量细菌,且来自胃、小肠的样品聚为一大簇,来自大肠的样品聚为一簇,而来自粪便的样品单独聚为一簇。从DGGE图谱上共回收18个条带,细菌种类鉴定主要是5个菌门,分别为变形菌门(Proteobacteria,38.89%)、厚壁菌门(Firmicutes,22.22%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,5.56%)、放线菌门(Actinobacteria,5.56%)、疣微菌门(Verrucomicrobia,5.56%)和不可培养菌细菌(Uncultured bacterium,22.22%)。其中,变形菌门菌和厚壁菌门菌分布于整个胃肠道。菌群的系统发育树分析表明,仅条带4与已鉴定的粪肠球菌进化分类相似,而其他不可培养菌与已知的菌种进化分支差异较大,说明在川金丝猴的胃肠道中仍有大量的菌群信息未被鉴定。结果提示,本研究的死亡野生川金丝猴胃肠道优势菌群为变形菌门(Proteobacteria),菌群多样性随着胃肠道由前至后的顺序呈现高-低-高的趋势。更多还原