宏基因组学对牛肠道微生物及其携带耐药性基因研究

【作者】 朱阵； 周绪正； 张继瑜；

【机构】 中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所；

【摘要】 <正>引言抗生素耐药基因已经成为公认的污染物,并且严重影响公共卫生安全^[1-2]。动物肠道微生物是一个丰富的耐药基因的储存库,但我们对其起源与传播方式知之甚少。为了研究牛肠道微生物中耐药性基因的分布情况以及抗生素的使用对耐药性基因流行的影响,我们利用宏基因组的方法研究不同养殖环境对牛肠道微生物及其携带的耐药性基因的影响。材料与方法所有的粪便样品分别采自不同地区肉牛、奶牛和牦牛。采集的粪便样品立即在液氮中冻存,以待后续DNA提取。DNA采用CATB柱法提取,检测合格后进行文库构建及上机测序。得到的原始数据后过滤低质量数据并进行简单的组装,并通过数据库注释。为保证测序质量,各样品不低于12Gb的数据量。将最终的数据结果均一化后,通过ARDB数据库注释分析各组样品中耐药性基因的差异^[3]。更多还原