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转录因子特异性识别DNA动态机制的理论模拟
【机构】 农业生物信息湖北省重点实验室华中农业大学信息学院；
【摘要】 基因表达需要转录因子首先结合到特异性识别位点,研究转录因子与DNA的动态识别机制对于理解生命现象的本质,开展生物医学和精准医疗等研究具有重要意义。分子动力学模拟方法和生物信息学方法的有机结合可在蛋白核酸相互作用的理论模拟方面发挥重要作用。课题组结合拉伸动力学和靶向动力学方法研究了转录因子在DNA表面的一维滑动机制,较好的预测了转录因子在特异性识别位点的停留时间。单核酸多态性可导致DNA大沟和小沟的宽度和深度发生变化,通过构象传递影响附近的碱基对构象,从而影响转录因子的结合强度,导致基因的上调和下调。根据这些研究成果,我们还进一步构建了3-mer DNA碱基堆积矩阵。统计分析表明,这一矩阵与单核苷酸多态性(SNPs)是否具有致病倾向存在强关联,可用于进行致病性SNP位点和蛋白核酸相互作用位点的筛选和预测。
【基金】 国家自然科学基金资助项目（No.21873034）
- 【会议录名称】 2019中国化学会第十五届全国计算（机）化学学术会议论文集
- 【会议名称】2019中国化学会第十五届全国计算（机）化学学术会议
- 【会议时间】2019-11-14
- 【会议地点】中国上海
- 【分类号】Q751
- 【主办单位】中国化学会（Chinese Chemical Society）