隐球菌脑膜炎患者外周血单个核细胞中lncRNAs和mRNAs表达谱差异性分析

【作者】 张蕾； 张克明； 潘炜华； 廖万清；

【机构】 上海长征医院；

【摘要】 目的 lncRNAs在机体生理和病理学过程中均发挥了非常重要的作用。本部分旨在探讨lncRNAs在隐球菌脑膜炎中的作用。方法收集隐球菌脑膜炎患者外周血单个核细胞后进行芯片检测,同时分析差异性基因所在的GO和KEGG通路;建立差异性表达的lncRNAs和m RNAs的共表达调控网络图;采用实时荧光定量PCR验证差异性表达的lncRNAs和m RNAs的表达水平,检测其治疗后的动态变化。结果与健康对照组相比,共发现325个m RNAs(201个表达上调,124个表达下调)和497个lncRNAs(263个表达上调,234个表达下调)在隐球菌脑膜炎患者PBMC中存在差异性表达;差异性表达的m RNAs中前三个富集的GO分别是:花生四烯酸结合(GO:0050544),激活素受体结合(GO:0070697),复制保护复合物(GO:0031298),其涉及的前三个KEGG通路分别是:哮喘(hsa05310),单叶酸碳池(hsa00670),同种异体排斥反应(hsa05330);通过构建共表达网络图发现,108个lncRNAs和87个m RNAs存在305条共表达关系。采用实时荧光定量PCR检测后发现,lncRNA-DPY19L1p1在隐球菌脑膜炎患者外周血PBMC中表达显著增高,且在抗真菌治疗后有下降趋势;进一步采用ROC分析发现,DPY19L1p1的AUCROC为0.9389;通过生物信息学对DPY19L1p1以cis或trans作用方式的靶基因进行预测,发现大部分DPY19L1p1靶基因均与免疫相关通路有关,如白介素信号通路等。结论本研究对隐球菌脑膜炎患者中差异性表达的lncRNAs和m RNAs进行了鉴定并对其潜在的功能及所在信号通路进行了分析预测,发现DPY19L1p1可以作为隐球菌脑膜炎潜在的诊断和病情监控指标。更多还原