河南省2015-2018年猪δ冠状病毒的流行和遗传进化分析

【作者】 张红垒； 梁青青； 李炳晓； 丁庆文； 王亚宾； 魏战勇；

【机构】 河南农业大学牧医工程学院；

【摘要】 猪δ冠状病毒(PDCoV)是一种新型的猪肠道冠状病毒,感染主要引起仔猪腹泻,呕吐和脱水等肠道症状。该新发病毒自2014年在美国爆发以来迅速蔓延并给猪业造成了严重的经济损失。在本研究中,我们从2015年4月到2018年3月河南省17个地市的发生腹泻猪身上采集了430份粪便和肠道样品。RT-PCR检测表明,PDCoV单一感染(23.49%)以及与PEDV共感染(60.40%)在河南发生腹泻的猪中较为普遍,其中在101份PDCoV阳性样品中有61份同时发生了PEDV感染。检测同时发现PDCoV在哺乳仔猪中的感染率最高,同时能够感染母猪。对从河南省分离的3株PDCoV毒株(CH-01,HNZK-02,HNZK-04)进行全基因组测序和分析以揭示该新发病毒在河南猪群中流行的特征。系统发育分析表明,河南PDCoV流行毒株与位于中国分枝的其他参考毒株亲缘关系最近。基于PDCoV全基因组的系统发育分析表明,河南株CH-01与CHN-HB-2014和HKU15-44株亲缘关系最近,而河南分离株CH-HNZK-02和CH-HNZK-04与CHJXNI2和CH-SXD1-2015株亲缘关系最近。此外,RIP程序用于分析PDCoV河南分离株的进化情况,结果表明这些鉴定的毒株的潜在重组来源是不同的中国流行毒株,揭示这些分离的毒株保持持续进化并可能从中国不同的流行毒株进化而来。这些结果将有助于我们了解PDCoV在中国的流行和演变特征。更多还原