肿瘤细胞及其微环境相互促进其恶性进展的RNAseq和蛋白质组学分析

【作者】 谢涛； 吴袁涛； 董军； 庄志祥； 兰青； 黄强；

【机构】 苏州大学附属第二医院神经外科； 苏州大学附属第二医院肿瘤科；

【摘要】 目的肿瘤细胞及其微环境相互促进其恶性进展报告虽多,但分子生物信息学分析、特别是关键调控分子的报告尚少,本文用RNAseq和蛋白质组学分析来探讨其分子机制。方法将人脑胶质瘤干细胞(SU3)诱导恶性转化的免疫炎性微环境(TME)细胞及相应的正常细胞共8株,行RNAseq;亲本的人肝癌细胞、葡萄膜黑色素瘤细胞和被荷瘤鼠TME诱导的再培养细胞共5株,行蛋白质组织学,并包括差异表达、GO、KEGG富集、SNP、可变剪切、移码突变和基因融合等分析;为了弄清分子之间的联系,再用STRING数据库和CytoScape软件进行互作网络。结果在RNAseq,被SU3诱导恶性转化的巨噬细胞、树突状细胞、成纤维细胞、骨髓间充质细胞与相应正常细胞比,共同上下调分子分别为1095个和1923个;在蛋白质组学,被TME诱导的Heg2-1与亲本的Heg2比,上下调蛋白质分别为381和387个;被TME诱导的葡萄膜黑色素瘤细胞92.1A和92.1B与亲本的92.1比,上下调蛋白质分别为75和83个。互作网络确定相互间有功能联系、可作为建立分子生物学信息库上下调候选分子的,在胶质瘤为19和21个,其中趋化因子家族CXCR4等7个,占17.5%;在肝癌和黑色素瘤分别为7个、5个和6个、7个。在此25个蛋白质中,与糖和脂肪代谢相关的分别有PCK2,ENO2,TKT,MTHFD1L和P62,共5个,占20%。结论人脑胶质瘤干细胞诱导其TME中免疫炎性相关细胞恶性转化的主要原因是趋化因子家族的异常表达,印证了趋化因子在行使免疫系统功能的各个环节中处于关键地位,釆用分子手段将其异常表达模式回归到正常,是使恶性转化的免疫炎性细胞回归到正常免疫细胞首选的依据;在TME诱导亲本肿瘤更加恶性的蛋白质分子中主要是调节糖和脂肪代谢蛋白质的异常表达,因此阻止肿瘤恶性进展有必要从逆转TME赋于的糖和脂肪代谢分子异常表达入手。更多还原