基于BAC文库的普通小麦中国春2DS基因组组装

【作者】 曹文进； 邢莉萍； 熊琴； 李英俊； 陈金慧； 孙亚民； 黄麟； 梁建国； 张芳； 聂小军； 曾庆东； 曹爱忠； 张宏； 宋卫宁； 王中华； 韩德俊； 吉万全； 康振生； 施季森； 徐海滨；

【机构】 南京林业大学； 南京椰壳生物科技有限公司； 南京农业大学； 天津生物芯片技术有限责任公司； Precision Health Research Centre Company Limited； 西北农林科技大学；

【摘要】 完整、准确的小麦基因组序列,是深入研究重要小麦农艺性状形成机制,定向改良、加速小麦育种流程的重要基础数据。中国春(ChineseSpring,CS)是应用最广泛的小麦品种之一,也是国际小麦基因组测序联盟(IWGSC,http://www.wheatgenome.org/)使用的参考序列测定材料,已成功用于IWGSCRefSeq1.0版本的组装分析。在IWGSC的帮助下,我们基于编号为TaaCsp2DSMTP的最小重叠(Minimum Tiling Path, MTP)BAC文库,开展了下一版中国春2DS基因组的精细组装工作。TaaCsp2DSMTP文库包含3025个克隆,插入片段平均长度132kb,覆盖2DS基因组约1.3倍。截至目前,已完成五组共计252个BAC克隆的组装工作,插入片段总长33.8Mb,平均插入片段长度134kb,与文库评估结果相符(132kb)。其中,共有247条BAC序列实现完成图组装,完成图比率达98%。五条BAC序列中的复杂区域未达到完成图序列标准,针对此类区域的特征,我们已设计新算法尝试解决,预期可将其比例降低十倍。上述结果已提交IWGSC,目前正商讨第三方验证的最优方案。依进度估计,组装工作预期于2018年下半年完成。更多还原