玉米耐盐性状的全基因组关联分析

【作者】 谢永宏； 冯艳； 王爽快； 丁宸云； 王芳； 汪保华； 李平；

【机构】 南通大学生命科学学院；

【摘要】 本研究利用高密度的SNP芯片对150份玉米自交系进行基因鉴定,结合基因型数据对耐盐主效QTL进行全基因组关联分析(GWAS)来检测与耐盐相关的显著位点。从56110个SNP标记中筛选出分布于10条染色体上34972个具有高质量和多态性的SNP标记,采用TASSEL中的GLM算法对与耐盐相关的五个指标进行了关联分析,使用严格的LOD阈值,分别检测到了与株高变化率、枯萎度、鲜重变化率、干重变化率、综合指标显著关联的46个SNP位点,且这些标记分布于除10号染色体的所有染色体上。用TASSEL软件对测得150个自交系的高密度指纹进行聚类分析,构建遗传聚类图估算其遗传距离及所属亚群,将其划分为两大杂交优势群:SS群和NSS群,发现耐盐相关指标的SNP位点在染色体的分布出现较大差异。耐盐分级构建等位基因分布热点图,发现挑选的16个SNP位点的效应等位基因在耐盐与盐敏感材料中出现明显分级且相比于T/C型变异,G/A、C/T型变异对玉米耐盐性增强有更显著影响。结合前人的研究结果,筛选出相关基因作为影响玉米耐盐性的10个候选基因并进行实时定量PCR验证。更多还原