识别表观遗传标记在小鼠小脑和皮质组织中的动态变化

【作者】 李云； 刘宏德； 万亚坤； 谢维；

【机构】 东南大学生命科学研究院发育与疾病相关基因教育部重点实验室；

【摘要】 识别不同组织的遗传标记的动态变化,对于深刻认识基因表达调控机制有着非常重要的意义。通过对ChIP-Seq数据分析发现,CTCF、H3K4me3,H3K27ac和PolII这四种遗传标记在小家鼠(8周)小脑和皮质中的转录起始位点周围的平均分布模式存在统计学意义上的差异。进一步通过GO注释工具DAVID做功能富集分析,揭示了这种动态变化带来的转录、磷酸化、DNA结合、乙酰化等基因功能的差异。通过RPKM(Reads Per Kilo-base per Million reads)方法处理对应的RNA-Seq数据找出与基因功能差异相关的差异表达基因,从而识别出这四种遗传标记是如何影响基因的特异性表达进而最终导致基因功能的特异性。更多还原