利用BSR-Seq定位小麦寡分蘗基因

【作者】 侯帅； 魏育明； 郑有良； 刘亚西；

【机构】 四川农业大学小麦研究所；

【摘要】 分蘖是小麦的重要农艺性状,适宜的分蘖数是小麦高产的前提条件之一,过少的分蘖会造成有效穗数的不足,过多的分蘖则会引起分蘖的大量死亡,结实率降低,穗型变小等不利影响,最终会降低小麦产量,因此,发掘控制小麦分蘖的基因,有效的调控小麦分蘖发生,塑造合理的分蘖发生群体,对提高小麦群体质量和产量具有重要意义。课题组前期利用杂合自交家族法创制了一对分蘖近等基因系材料N2496 （寡）和N2493 （多）,并构建了F₂代分离群体。本实验分别从F₂代群体中选取极端多分蘖（Tiller Number≥8）和极端寡分蘖（Tiller Number≤2）单株各30株构建混池,对混池RNA进行转录组测序（bulk segregant RNA-seq,BSR-Seq）,测序深度30X。测序原始数据经过质检后分别产生312964720和300233104个高质量的reads,之后对高质量的reads进行Calling SNP,每个池分别有271027448 （86.6%）、260602334 （86.8%） reads可以映射到中国春参考基因组上,多寡池分别产生159313、162417 SNP数据,从中选取两混池共有的SNP数据用于分析两混池间等位基因变异频率（bulk frequency ratio,BFR）。当BFR>6时,我们将目的基因定位在2B染色体上,区间大小7.75Mb,范围在793416726-801162305之间。研究结果为我们进一步精细定位、图位克隆该寡分蘖基因,探索分蘖发生的分子机制奠定了基础,同时也为株型育种途径优化小麦群体结构,提高小麦产量提供了一个新的选择。更多还原