中国黄河流域节节麦代表系T093基因组分析

【作者】 孙桂玲； 柏胜龙； 李浩； 侯静一； 周云； 邹长松； 贾继增； 宋纯鹏；

【机构】 河南大学植物逆境生物学重点实验室河南大学生命科学学院； 中国农业科学院作物科学研究所；

【摘要】 节节麦(Aegilops tauschii 2n=14)起源于中东,从里海沿岸一直延伸到我国黄河流域,是普通六倍体小麦D基因组的供体,也是小麦重要的二级基因库。我们的研究表明,分布于我国黄河流域的节节麦具有独特的种群结构,对于拓展和丰富普通小麦D基因组的遗传多样性具有重要的利用价值。本研究整合PacBio、BioNano和Hi-C技术对采集于河南地区的节节麦T093进行了全基因组de novo组装,获得了基因组7条染色体的精细图谱,最终组装基因组大小为4.12Gb,包括5700个Contig和2260个Scaffold,Contig/Scaffold N50为1.87/48.7Mb。使用同源注释、denovo注释和二代/三代转录组注释,最终得到44419个高可信度基因,其中97.7%的基因定位到染色体上。比较基因组分析表明T093与AL8/78以及中国春D亚组存在良好的共线性,同时含有大量的基因等位变异。节节麦T093高质量参考基因组的获得,对于研究我国黄河流域节节麦的起源进化和优异基因资源挖掘具有重要的价值。更多还原