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花生种子萌发进程全长转录组测序分析
【作者】 胡晓辉； 苗华荣； 张胜忠； 崔凤高； 杨伟强； 陈静；
【机构】 山东省花生研究所；
【摘要】 以花育52号种子萌发进程中的样品为材料,采用PacBio平台进行全长转录组测序,获得Polished consensus序列133 207个,经CD-hit去冗余后得到非冗余转录本114 797条,测到CDS有112 407个,Unigene序列47 697条,预检测到16 701个SSR位点。47 697条unigene中共注释了43 930条,其中NR数据库有4 323个同源序列比对到292个物种;有25 840个在KOG数据库得到注释,根据其功能各分为27类;有19 468个得到GO注释分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类;根据KEGG数据库,19 192个得到了注释,涉及到310个代谢途径分支,包括品质、活性物质代谢以及抗逆等相关基因等;预测到隶属于91个转录因子家族的转录因子有2 544个;预测到30 669条LncRNA序列。这些结果为进一步开展花育52号特异性状基因的标记性引物开发、遗传研究和抗逆机制研究奠定了基础。
【基金】 山东省农业良种工程项目(2017LZGC003);山东省农业科学院创新工程(CXGC2016B02,CXGC2018E2);山东省重点研发计划(2016ZDJS10A02);山东省农业科学院重大成果培育;山东省渤海粮仓科技示范工程(2017BHLC019)
- 【会议录名称】 中国作物学会油料作物专业委员会第八次会员代表大会暨学术年会综述与摘要集
- 【会议名称】中国作物学会油料作物专业委员会第八次会员代表大会暨学术年会
- 【会议时间】2018-11-19
- 【会议地点】中国山东青岛
- 【分类号】S565.2
- 【主办单位】中国作物学会油料作物专业委员会、《中国油料作物学报》编辑部