一例败血症患者铜绿假单胞菌转录组分析及其毒力相关基因筛选

【作者】 葛玉梅； 周永列； 赵钊； 沈雅婕； 孙哲伟； 胡庆丰；

【机构】 浙江省人民医院临床医学检验中心杭州医学院附属人民医院；

【摘要】 【目的】铜绿假单胞菌是医院内获得性肺炎,尤其是重症监护病房肺部感染的首位致病菌,其毒力基因携带情况与致病性和流行强度密切相关。我们从一例败血症患者体内分离出一株强毒力的铜绿假单胞菌,并通过转录组学分析筛选毒力相关基因。【方法】采用16S rDNA测序鉴定从败血症患者穿刺液中分离出铜绿假单胞菌临床株,将低毒力的铜绿假单胞菌ATCC27853作为参考菌株,分别进行转录组测序、基因组mapping、UTR鉴定、差异基因表达鉴定及新转录本鉴定,通过生物信息学分析对差异表达基因功能进行分类。【结果】铜绿假单胞菌临床株经16S rDNA引物可扩增出长度为1099 bp条带,经测序鉴定为铜绿假单胞菌(鉴定率=99.88%)。转录组分析结果显示铜绿假单胞菌临床株获得19565362个reads,总长2465235612 bp;铜绿假单胞菌ATCC27853株获得19622648个reads,总长2472453648 bp。铜绿假单胞菌临床株与ATCC27853株相比,共有24个基因表达显著上调,分别为PA4141、fliC、fliD、PA4139、PA4133、PA4130、lecB、PA0122、PA4131、PA4637a、hcpB、PA4739、rh1A、aprA、PA4132、tufA、rh1B、rh1R、PA4140、phzG2、PA3362、flgK、PA1168;1个基因表达显著下调,为PA4070。铜绿假单胞菌临床株含有21564个单核苷酸多态性SNP,基因总长19145 bp,内含7个ncRNA,2个rRNA,2个tRNA;ATCC27853株含21000个SNP,基因总长18566 bp,内含4个ncRNA,3个rRNA,3个tRNA。【结论】所获得的转录组信息和25个差异表达基因可为研究毒力基因功能及RNA的调控机制提供重要线索。更多还原