利用小RNA深度测序技术鉴定海南牛白藤病毒种类

【作者】 车海彦； 曹学仁； 禤哲； 贺延恒； 罗大全；

【机构】 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所/农业部热带作物有害生物综合治理重点实验室/海南省热带农业有害生物监测与控制重点实验；

【摘要】 牛白藤[Hedyotis hedyotidea(DC).Merr.]为茜草科耳草属植物,又名毛鸡屎藤、土加藤、甜茶、接骨丹、排骨连等,生于山谷、坡地、林下、灌木丛中,是我国海南、广东、广西、云南等地常见的野生中草药。牛白藤的根和藤具有祛风活络,消肿止血的功效,叶片具有清热祛风的作用。2016年,笔者在海南各地进行病害调查时发现,万宁、琼中、屯昌等市县的牛白藤叶片表现斑驳等疑似病毒感染症状,将采集自不同市县的6个疑似感染病毒的叶片样品合并,建成1个cDNA文库池,利用Hiseq4000测序平台进行小RNA深度测序,利用Fastx-Toolkit软件对测序获得的原始数据进行质控分析,获得clean small RNA序列,将质控后的序列进行拼接,得到contigs,上述contigs在NCBI数据库中进行BLASTn和BLASTx比对,发现测序样本中可能存在的病毒有菜豆普通花叶病毒(Bean common mosaic virus,BCMV)、大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus,SMV)、西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus,WMV)、小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV))、东亚西番莲病毒(East Asian Passiflora virus,EAPV)、菜豆普通花叶坏死病毒(Bean common mosaic necrosis virus,BCMNV)等6种病毒。通过RT-PCR方法证明田间采集的6个样品中均存在BCMV、SMV、WMV、ZYMV、EAPV和BCMNV,证实了小RNA深度测序结果的准确性。更多还原