蛋白质超粗粒化模型的发展

【作者】 夏飞； 曹泽星； 张增辉；

【机构】 华东师范大学化学与分子工程学院； 上海纽约大学-华师大联合计算中心,上海纽约大学； 厦门大学化学化工学院,厦门大学；

【摘要】 粗粒化模型被广泛地应用于蛋白质结构与功能的研究,发展蛋白质的粗粒化模型为生物大体系的多尺度模拟提供了重要的理论工具。近期,我们尝试了发展了蛋白质超粗粒化模型,超粗粒化模型跟目前国际上的粗粒化模型相比具有更低的分辨率。我们己经发展了针对蛋白质体系超粗粒化的快速优化方法(FM-CG)与算法(SLIO),利用这些方法可以优化得到蛋白质体系的超粗粒化表达。我们进一步利用经验的势能函数对超粗粒化粒子进行了参数化,并构建了蛋白质有效的超粗粒化模型。我们将运用发展的超粗粒化模型来模拟研究蛋白质复合物的动力学性质与功能。更多还原