miR-15b靶基因预测、信号通路分析及靶基因鉴定

【作者】 孙文阳； 蓝静； 陈磊； 闫尊强； 王金勇； 滚双宝；

【机构】 重庆市畜牧科学院； 甘肃农业大学动物科学技术学院； 甘肃省现代养猪工程技术研究中心；

【摘要】 (目的)为初步探究miR-15b的生物学功能。(方法)利用TargetScan Release7.0,PicTar和PITA数据库对miR-15b靶基因进行预测,随后用DAVID数据库对预测出的靶基因集进行功能富集分析(gene ontology-analysis)及信号转导通路富集分析(KEGGPathwayanalysis),并对其中的两个靶基因通过双萤光素酶报告系统进行了验证。(结果)三个软件共同预测出miR-15b的靶基因有305个,靶基因集合功能富集于蛋白激酶活性、GTP结合蛋白调控等分子功能,蛋白氨基酸磷酸化、细胞周期调控等生物学过程及微管相关复合体、转录因子复合体等细胞组分上。信号转导通路则显著富集于癌症相关信号通路。随后,我们对预测出的能量代谢通路相关miR-15b靶基因丙酮酸脱氢酶激酶4(PDK4)和免疫相关功能靶基因CD28基因进行验证。实验结果显示,CD28为miR-15b的靶基因,而PDK4不是miR-15b的靶基因。(结论)miR-15b可能会通过靶向CD28参与T细胞的免疫应答过程。更多还原