【作者】 王进安； 于玉琪； 邵强； 朱维良；

【Author】 Jinan Wang;Yuqi Yu;Qiang Shao;Weiliang Zhu;Drug Discovery and Design Centre,Shanghai Institute of Materia Medica,Chinese Academy of Sciences;

【机构】 中国科学院上海药物研究所药物发现与设计中心；

【摘要】 蛋白质功能与其结构以及结构的变化密切相关,而蛋白质结构的大规模变化及功能机制模拟一直是分子模拟研究工作者所面临的巨大挑战。为此,我们发展了一种将简振模式分析和伞取样模拟方法相结合的分子模拟新方法NUMD（图1）,实现了蛋白质大规模构象变化的路径及能量的计算模拟。测试表明,NUMD的计算结果和传统的分子动力学模拟结果非常接近,亦与实验高度吻合。此外,该方法的计算效率高于传统方法约50倍。我们正利用该方法对一些重要靶标蛋白质开展应用研究^[1,2]。同时,我们在增强型取样方法REMD的基础上,发展了高效取样的hREMD方法,可以显著提高模拟效率^[3]。更多还原

【Abstract】 The function of protein is highly correlated with its structure and conformational change.However,it is a great challenge to simulate large scale conformational change nowadays.We developed a new approach,namely,NUMD,to efficiently sample the conformational change of protein and predict the free energy profile along the conformational transition pathway.Meanwhile,we also optimized other enhanced sampling method(e.g.,REMD)to increase the computational efficiency for same purpose.更多还原