基于RNA-seq的斯氏副柔线虫幼虫和成虫差异表达基因分析

【作者】 冯陈晨； 王文龙； 红梅； 白丽艳；

【机构】 内蒙古农业大学兽医学院；

【摘要】 目的:为探明骆驼斯氏副柔线虫幼虫和成虫的转录组差异,了解斯氏副柔线虫在传播媒介和终末宿主体内代谢水平的差异,挖掘重要的功能基因。方法:采用Illumina Hi SeqTM2000分别对其三期幼虫和成虫样本进行转录组测序,构建cD NA文库,通过建库质量评估,组装效率评估后对其进行功能注释及相关生物信息学分析。结果:结果显示,幼虫和成虫转录本比较后,获得27791个差异表达基因,其中6058个基因上调;21733个基因下调。对差异表达基因进行GO功能分类,有8307,3846和11344个Unigenes分别注释到生物学过程、细胞组成和分子功能三大类46个分支中,显著富集在胶原蛋白、表皮结构组成和肌肉组织发育等方面。KEGG数据库分析,有5722个差异表达基因参与到251条KEGG通路中,显著富集在生物体代谢途径,氧化磷酸化和过氧化物酶等生长发育相关的通路中。功能聚类分析发现,三期幼虫在能量合成、糖代谢、幼虫发育和胚胎后发育中高表达;成虫在胚胎发育、生长调控、生殖发育和性别分化中高表达。此外,在幼虫和成虫中分别鉴定出多种特异性表达的功能基因,这些基因在虫体发育、免疫调节和与不同宿主互作等方面发挥重要作用。结论:本研究首次阐明了感染期幼虫和成虫差异表达基因的功能分类和代谢通路,挖掘出重要的特异性表达基因,为开展斯氏副柔线虫病的基础理论研究、药物靶点预测和疫苗候选基因筛选奠定基础。更多还原