骆驼斯氏副柔线虫转录组的De novo组装和特征分析

【作者】 王文龙； 冯陈晨； 红梅； 白丽艳；

【机构】 内蒙古农业大学兽医学院；

【摘要】 目的:为了系统了解骆驼斯氏副柔线虫的转录组特征,挖掘重要的功能基因,丰富寄生性线虫的组学数据。方法:以不同发育阶段的斯氏副柔线虫为研究对象,应用Illumina His2000TM高通量测序技术平台对其进行转录组测序,构建四个样本的转录本文库,并经过质量评估,de novo组装和相关生物信息学分析。结果:结果显示每个样本均得到3GB的原始数据,组装拼接后共获得128454个Unigenes,序列片段的平均长度与N50值分别为634bp和1037bp;将Unigenes与COG、Nr、Trembl和Pfam等蛋白数据库进行比对,结果表明比对到Trembl数据库的Unigenes最多为66668(51.90%)个,其次有56107(43.68%)个Unigenes比对到Pfam数据库;有35324(27.50%)个Unigenes比对到COG数据库,根据蛋白种类大致分为25类,主要涉及RNA加工和修饰、能量产生和转换、氨基酸转运和代谢等相关功能蛋白;有38217(29.75%)个Unigenes比对到Nr数据库,并对其进行GO功能分类,5227个Unigenes映射到GO不同的功能节点上,共涉及生物学过程、分子功能和细胞成分三大类47个分支;通过KEGG pathways分析,共有13424个Unigene参与了8155个代谢通路,主要涉及p53信号通路、toll样受体信号通路和脂肪酸生物合成等。结论:本研究首次描绘出斯氏副柔线虫的转录组图谱,为斯氏副柔线虫病的基础理论研究、诊断方法研究及防治研究提供参考依据。更多还原