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基于注释转录组数据的豆状带绦虫密码子使用模式分析
【作者】 陈林； 刘天飞； 杨德英； 农向； 谢跃； 付彦； 吴徐行； 黄兴； 古小彬； 杨光友；
【机构】 四川农业大学动物医学院； 广东省农业科学院畜牧研究所；
【摘要】 通过8118个注释重构的豆状带绦虫(Taenia pisiformis)成虫转录组序列,首次分析了豆状带绦虫同义密码子的使用情况。重构基因的平均GC含量为49.48%。32个密码子被认定为豆状带绦虫的偏好密码子,其中有17个偏好密码子以G或C结尾。基因在第一主轴上的位置与基因的GC含量及密码子第三位GC含量显著正相关。提示核酸组成是形成豆状带绦虫密码子偏好的主要原因,同时编码蛋白的亲水性及芳香性也和密码子第三位GC含量及有效密码子数(ENC)显著相关。推测编码蛋白的亲水性及芳香性同样是豆状带绦虫同义密码子偏好的原因。
- 【会议录名称】 中国西部动物学学术研讨会论文摘要汇编
- 【会议名称】2012年中国西部动物学首届学术研讨会
- 【会议时间】2012-06-15
- 【会议地点】中国四川成都
- 【分类号】S852.734
- 【主办单位】四川省动物学会、重庆市动物学会、贵州省动物学会、云南省动物学会、陕西省动物学会、甘肃省动物学会、新疆维吾尔自治区动物学会、宁夏回族自治区动物学专业委员会、中国科学院西北高原生物研究所