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基于多环境下大豆油分含量SNP-SNP互作分析

SNP-SNP Interaction Analysis on Soybean Oil Content under Multi-Environments

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【作者】 陈庆山毛新瑞张战国朱荣胜尹振功蒋洪蔚韩雪刘春燕胡振邦武小霞胡国华辛大伟齐照明

【Author】 CHEN Qing-shan;MAO Xin-rui;ZHANG Zhan-guo;ZHU Rong-sheng;YIN Zhen-gong;JIANG Hong-wei;HAN Xue;LIU Chun-yan;HU Zhen-bang;WU Xiao-xia;HU Guo-hua;XIN Da-wei;QI Zhao-ming;Northeast Agricultural University;Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences;The Crop Research and Breeding Center of Land-Reclamation of Heilongjiang Province;

【机构】 东北农业大学大豆育种遗传改良重点实验室黑龙江省农科院黑龙江省农垦科研育种中心

【摘要】 大豆油分含量丰富,大豆油占全世界植物油总量的57%。正如前人研究,大豆油分含量是一个非常复杂的,由多基因共同控制的数量性状。多因子降维法(MDR)在医学中早已有很多研究,本研究首次通过使用MDR的方法将植物中的复杂的数量性状转化为简单的质量性状进行分析。本研究选用的是Charleston(♀)与东农594((?))构建的RIL群体。通过多因子降维法(MDR)并结合本实验室一套含有5308个标记的高密度遗传图谱对不同年份不同地点共23个环境下大豆油分含量进行分析。经过Bonferroni校正法对所获得的互作对进行有效性校正(p<3.55×10-11),在12个环境中,共定位到了36,442,756对互作位点。其中,2006年哈尔滨这个环境定位到的互作对最多为5,612,873对。最后统计得出1865个互作对在至少11个环境中稳定存在。发现大部分互作对都是Gm01与其他染色体上的位点互作,包括Gm01,Gm05,Gm06,Gm07,Gm08,Gm09,Gm10,Gm13,Gm18 and Gm20。其中有2个互作对在12个环境中稳定存在,这两对互作对为Gm01(Mark673223)分别与Gm05(Mark310931,Mark312588)这两个位点互作。1863个在11个环境中稳定存在。对这些稳定的互作对又通过方差分析和F测验计算了上位性和贡献率,共有560对有意义的互作对。这些互作对至少在两个环境中稳定存在,最多的有4对互作对在5个环境中都稳定存在。对最后锁定的这些稳定的互作对构建了热点互作网络,并挖掘其中的热点互作区段。最后对这些热点区段进行了基因挖掘,对所有功能基因进行基因GO,KEGG,KOG,Pfam等注释分析来挖掘候选基因。在热点区段中我们共挖掘到了871个功能基因。最后确定了9个与大豆油分含量相关的候选基因。其中注释到Glyma.15G241700直接参与了脂肪酸生物合成生化过程(GO:0006633),Glyma.07G08 1 500参与脂肪酸分解过程(GO:0009062)。本研究寻找能够在多环境中重复检测到的大豆油分含量相关的互作位点并挖掘其中的候选基因,将挖掘到的候选基因进行功能验证,具有重要的理论和应用价值,对研究影响调控大豆油分含量相关基因及分子辅助育种奠定基础。

【关键词】 大豆油分SNP互作MDR
【Key words】 Soybeanoil contentSNP-SNPinteractionMDR
  • 【会议录名称】 第十届全国大豆学术讨论会论文摘要集
  • 【会议名称】第十届全国大豆学术讨论会
  • 【会议时间】2017-07-31
  • 【会议地点】中国北京
  • 【分类号】S565.1
  • 【主办单位】中国作物学会大豆专业委员会
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