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多环境下的大豆蛋白含量的SNP-SNP互作分析
SNP-SNP Interaction Analysis of Soybean Protein Content under Multiple Environments
【作者】 齐慧冬; 朱荣胜; 张占国; 侯萌; 尹正功; 蒋洪蔚; 刘春燕; 胡振帮; 武小霞; 辛大伟; 齐照明; 陈庆山;
【Author】 QI Hui-dong;ZHU Rong-sheng;ZHANG Zhan-guo;HOU Meng;YIN Zhen-gong;JIANG Hong-wei;LIU Chun-yan;HU Zhen-bang;WU Xiao-xia;XIN Da-wei;QI Zhao-ming;CHEN Qing-shan;Northeast Agricultural University;The Crop Research and Breeding Center of Land-Reclamation of Heilongjiang Province;
【机构】 东北农业大学; 黑龙江省农垦科研育种中心;
【摘要】 大豆是植物蛋白的重要来源。大豆蛋白质含量是由多基因控制的数量性状,大部分基因都是微效作用,并且各微效位点之间存在着上位性关系。本研究以Charleston(♀)和东农594((?))及其147个F10-21代重组自交系为试验材料,从2002年到2012年在哈尔滨、佳木斯和红兴隆共23个环境进行种植并测量其蛋白质含量,基于已构建的含有5308个标记的高密度遗传图谱,采用多因子降维方法(Multifactordimensionality reduction,MDR),对QTL之间的上位性分析及其多环境下稳定互作对的筛选和互作对效应评价。在检测23个环境下的稳定互作位点分析中,共发现了31,897,046个SNP-SNP互作对,46个多环境下存在稳定互作对,其中2个互作对在4个环境同时被检测到,44个互作对在3个环境同时被检测到。Gm17、Gm06、Gm03连锁群上的互作位点为热点区域,与前人定位的QTL位点相一致。稳定互作对的上位性值得范围在0.0008到0.5483之间,贡献率在0.0003到0.5126之间。上位性与贡献率变化趋势相一致,同时利用SNP-SNP互作对构建了8个互作网络。研究对QTL之间的上位性分析及其多环境下稳定互作对的筛选和互作对效应评价,与Soybase中已定位的重要蛋白含量QTL比对分析,寻找到的位点具有重要的理论和应用价值,可以为大豆分子标记辅助选择提供有利工具,为大豆高品质育种策略的制定提供有利保证。
【Key words】 Soybean Protein Content; Multifactor Dimensionality Reduction; Epistasis effect analysis; SNP-SNP network;
- 【会议录名称】 第十届全国大豆学术讨论会论文摘要集
- 【会议名称】第十届全国大豆学术讨论会
- 【会议时间】2017-07-31
- 【会议地点】中国北京
- 【分类号】S565.1
- 【主办单位】中国作物学会大豆专业委员会