东亚地区家犬群体背景下的松狮起源研究

【作者】 杨贺川； 王国栋； 王猛； 马娅萍； 尹婷婷； 樊若溪； 吴宏； 钟丽； David M.Irwin； 翟巍巍； 张亚平；

【Author】 David M.Irwin;

【机构】 中国科学技术大学生命科学学院； 中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室； 新加坡基因组研究所； 云南大学生物资源保护与利用重点实验室； 中国科学院大学； 中国科学院大学昆明生命科学学院； 加拿大多伦多大学药物与病理学实验室；

【摘要】 东亚地区的品种犬是家犬被驯化后在这一地区品种化所产生。这些品种犬中有许多群体在系统发育树上形成相对古老的分支。其中,松狮犬的品种形成历史久远,而且具有许多独特的表型,例如结实的体形,双层被毛,以及蓝黑色的舌头。在本工作中,我们采用基于限制性酶切位点相关DNA测序(RAD-seq)的方法,对采自中国地区的9只松狮犬的全基因组DNA进行了简化测序。将这一数据与他人已发表的包括4只灰狼,33只家犬的全基因组测序数据,以及包含1191只犬科动物的全基因组SNP芯片数据相结合,通过主成分分析,群体结构分析以及TreeMix等分析,我们发现松狮与沙皮犬、秋田犬等东亚的品种犬同属于东亚地区的一个古老的分支。与其他家犬群体相比较,松狮与中国土狗关系最为密切。我们通过采用G-PhoCS对松狮犬与中国土狗的分歧时间进行了估计,发现这两个群体的分歧时间在10000年前左右。我们同时通过PBS和SweepFinder两种方法对松狮基因组中可能受到选择的位点进行了检测,发现松狮基因组中与消化和代谢相关的基因,以及与肌肉形成和心脏发育相关的基因受到了正选择的作用。我们这一工作是对东亚地区的品种犬起源问题进行研究的早期工作,为未来这一方向的研究提供了重要参照。更多还原