猫杯状病毒新型变异株的遗传特征分析

【作者】 刘春国； 刘永相； 刘大飞； 郭东春； 田进； 李志杰； 刘家森； 曲连东；

【机构】 中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室； 东北农业大学动物医学院；

【摘要】 猫杯状病毒(Feline calicivirus,FCV)是杯状病毒科、水疱疹病毒属成员之一,也是感染猫的重要病原之一,能够导致猫发生一系列严重的临床症状。FCV基因组包含一个单股正链RNA,极易产生遗传和抗原变异,这也是导致FCV毒力差异和疫苗免疫失败的基础。因此,对FCV基因组进行分析具有重要意义。为了解FCV的生物学特性,本研究对患有严重结膜炎的猫体内分离到的一株FCV HRB SS株进行了分离鉴定和遗传分析。结果表明HRB SS株全长基因组除了poly(A)共由7705 nt组成。编码两个大的ORF:ORF1(nt20-5311)和ORF2(nt 5312-7318),以及一个小的ORF3(nt7315-7638)。HRB SS株5’和3’非编码区分别由19nt和67nt组成。此外,HRB SS株在基因组3’端有24nt插入,与韩国分离株12Q087-1和12Q087-5相似,而中国分离株GD与F9疫苗株则保持相同的基因组形式。该片段的插入对病毒的意义如何将有待于进一步研究。基因组核苷酸序列分析结果表明FCVHRB SS株与1874株同源性最高,为80.3%,而与中国分离株GD的同源性最低,仅为76.6%。VP1超变区核苷酸序列分析发现,HRB SS株与疫苗株CVXPOLYCAP的同源性最高,为78.2%,而与中国分离株CH-JL和GD的同源性最低,仅为67.9%和68.8%。推导的超变区氨基酸序列分析结果显示,HB SS与12Q087-5、UTCVM-NH12和FCLF4的同源性最高,为86.7%,而与中国分离株的同源性仅为73.9%。系统发育树分析结果表明FCV HRB SS株基因组核苷酸序列与FCV/DD/2006/GE(德国)和UTCVM-H2(美国)的亲缘关系最近,并与美国分离株Urbana、1874和5789处于同一进化分支。而与疫苗株F9处于不同的进化分支。本研究结果表明,FCV HRB SS分离株为一株新型变异株,并与我国FCV具有不同的遗传起源。更多还原