福州羊传染性脓疱病毒F1L、VIR和B2L部分基因的遗传变异分析

【作者】 林裕胜； 江锦秀； 林甦； 江斌； 胡奇林；

【机构】 福建省农业科学院畜牧兽医研究所；

【摘要】 前言为了确定福州地区流行的ORFV毒株是否发生变异,本研究选取2014-2015年采自福州地区具有代表性的ORFV阳性病料进行F1L、VIR和B2L部分基因的克隆测序,在此基础上进行流行毒株的基因变异和遗传进化分析,以了解福州市流行ORFV毒株基因变异特点,为科学防控ORF提供理论依据。材料与方法(1)组织样品与毒株:2014-2015年ORFV PCR检测为阳性的病料,从中选出具有代表性的6个毒株进行研究。(2)核酸提取及PCR反应:按照DNA提取试剂盒说明书进行。PCR反应条件:95℃预变性5min;94℃变形30s-60s,50~60℃复性lmin,72℃延伸1~2min,35个循环;72℃终延伸10min,4℃保存。(3)序列测定:回收PCR产物连接pMD18-T载体中,转入DH5a菌株,重组质粒经1.0%的琼脂糖凝胶电泳鉴定,阳性质粒送至生工生物工程(上海)有限公司进行序列测定。(4)序列分析:使用DNASTAR软件对获得的F1L、VIR基因和B2L部分基因与参考毒株进行序列比对,分析其同源性,构建遗传进化树。结果(1)ORFV F1L基因核苷酸同源性及遗传进化树分析:通过软件分析,发现6株ORFV的F1L基因除了FJ-YT2014株是由999个碱基组成,编码333个氨基酸,其它5株均由1029个核苷酸组成,编码343个氨基酸。6株ORFV毒株之间核苷酸的相似性为97.6%~100%。遗传进化树表明6株ORFV福州分离株与新疆毒株、美国毒株亲缘关系比较近,与NZ2标准株亲缘关系较远。(2)ORFVVIR基因核苷酸同源性及遗传进化树分析:通过软件分析,6株ORFV毒株之间核苷酸的相似性为97.1%~98.9%。遗传进化树表明,6株ORFV福州分离株与韩国毒株、美国毒株的亲缘关系较近,与NZ2标准株亲缘关系较远。(3)ORFVB2L部分基因核苷酸同源性及遗传进化树分析:通过软件分析,6株ORFV毒株B2L基因之间核苷酸的相似性分别为96.6%~99.2%。从遗传进化树可以看出6株ORFV福州分离株与新疆毒株亲缘关系比较近,与NZ2标准株亲缘关系较远。讨论本研究结果显示,F1L基因上,6株病毒中有1株F1L基因存在核苷酸的缺失,缺失片段较大,与国内新疆变异株缺失片段较为相似;B2L基因方面,6个毒株仅存在个别核苷酸的突变,表明B2L基因仍较为保守,该结果与唐娜、Keshan等对国内外毒株B2L基因进行克隆测序分析的结果较为一致;VIR基因方面,6株ORFV毒株的VIR基因与韩国、美国流行毒株的亲缘关系较近,该结果与Haibo Yang等的结果一致,暗示福州地区当前流行的毒株可能与韩国、美国地区的毒株有共同的来源。更多还原