PCV2海南株全基因组的克隆与序列分析

【作者】 曹宗喜； 郑心力； 张艳； 叶保国； 林哲敏； 王峰；

【机构】 海南省农业科学院畜牧兽医研究所；

【摘要】 前言猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)为单股负链环状无囊膜的DNA病毒,主要侵害机体的免疫系统,能造成免疫抑制,给养猪业带来了巨大的经济损失。PCV2根据基因遗传距离的大小划分为3个基因型,分别为PCV2a,PCV2b,PCV2c。根为了研究猪圆环病毒2型海南株的分子特征,本试验克隆了8株PCV2海南株的全基因组并进行序列测定,分析了当前PCV2海南株的生物信息学特征,丰富了我国PCV2分子流行病学资料。材料与方法收集疑似PCV2样品,采用PCR方法扩增基因并进行序列分析。引物参照何逸民等。结果与讨论为了解不同地域PCV2毒株基因组之间的亲缘关系,利用MEGA5.1软件绘制了PCV2全基因组进化树。结果表明,本研究的8个毒株中,有7株属于PCV2b-1C亚型,1株属于PCV2b-1A/1B亚型,均属于PCV2b型。序列分析结果表明,PCV2海南株的ORF2基因的长度均为705 bp,编码234个氨基酸。8个PCV2海南株的ORF2基因之间核苷酸序列相似性及推导的氨基酸序列相似性分别为95.3%~99.7%和93.696~100%。海南株与国内分离株(AY682994,AF381175,JX945577,JX682407,AY180397)的核苷酸序列相似性为91.0%~99.9%,推导的氨基酸相似性为91.0%~99.6%。海南株与疫苗株SH的核苷酸序列相似性为98.2%~100%,推导的氨基酸相似性为94.9%~100%。海南株与疫苗株LG的核苷酸序列相似性为90.6%~91.7%,推导的氨基酸相似性为89.7%~91.0%。这些数据为我省PCV2疫苗株的选择提供了理论依据。在Cap蛋白的B细胞表位区A(47-63)、B(65-87)、C(113-139)、D(165-200)和E(C端最后4个氨基酸)中,8株PCV2 ORF2编码的氨基酸序列发生一定变化:53 F→I、68A→N、134T→N。对Cap蛋白的T细胞表位F(61-160)、G(210-230)进行分析,发现68 A→N、134 T→N。对Cap蛋白核定位信号区(N端41个氨基酸)进行氨基酸变异分析,结果发现HN8的第30(V→L)位氨基酸发生了变化;对Cap蛋白的唯一糖基化位点(第143-145位氨基酸)进行氨基酸分析,发现该糖基化位点(NYS)未发生变化。在Cap蛋白的其他区域,其氨基酸序列基本没有变化,序列相对保守,仅个别毒株发生单个氨基酸的变化,如154 E→P、176 P→L、206 I→K。这些位点的变化对致病力的影响还有待进一步研究。结论目前我省流行的PCV2以PCV2b-1C亚型为主,流行株与疫苗株SH的相似性较高,为我省PCV2疫苗株的选择提供了理论依据。更多还原