樱桃病毒A的全长基因组克隆和序列分析

【作者】 高蕊； 卢美光； 李世访； 张志想；

【机构】 中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室；

【摘要】 樱桃病毒A(Cherry virus A,CVA)属于乙型线性病毒科(Betaflexiviridae),发状病毒属(Capillovirus)的成员,基因组为单链正义RNA。该病毒可以侵染甜樱桃、酸樱桃、李、杏等李属植物。1995年首次在英国发现CVA,2008年在中国首次发现。目前CVA的全基因组序列只有两条:德国分离物(X82547.1)和印度分离物(FN691959)。没有关于中国分离物的全基因组序列报道。本研究以樱桃叶片的总RNA为模板,设计两对特异引物及5′RACE和3’RACE引物,用高保真酶(Phanta Max Super-Fidelity DNA Polymerase)对中国两个分离物(ChTA11,ChTA12)的CVA进行RT-PCR扩增,并进行克隆、测序和拼接。首次获得两个中国分离物的基因组全长,大小均为7382 nt(不包括Poly A结构),包括2个ORFs:ORF1编码一个266kDa的多聚蛋白,ORF2嵌入ORFA内,编码一个52kDa的运动蛋白。NCBI中BLAST分析结果表明,两个中国分离物的核苷酸同源性为98%。ChTA11分离物与德国分离物(X82547.1)和印度分离物(FN691959)的核苷酸同源性分别为98%和84%;ChTA12分离物与德国分离物(X82547.1)和印度分离物(FN691959)的核苷酸同源性分别为98%和83%。更多还原