尼罗罗非鱼GHSR基因生长相关SNPs位点的筛选

【作者】 王春晓； 卢迈新； 高风英； 刘志刚； 曹建萌； 朱华平； 可小丽； 王淼； 叶星；

【机构】 中国水产科学研究院珠江水产研究所农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室； 上海海洋大学水产与生命学院；

【摘要】 为了筛选尼罗罗非鱼生长激素促分泌素受体(Growth Hormone Secretagogue Receptor,GHSR)基因中生长相关SNPs位点,本研究以生长较快的番禺群体和生长较慢的高要群体等两个尼罗罗非鱼群体的混合样本作为SNPs的筛选材料,采用以上两个群体F1代作为SNPs与生长相关性分析的样本。采用PCR产物直接测序法在番禺群体和高要群体父母本中进行SNPs位点筛选,并利用snapshot法对两个群体F1代中相应SNPs进行基因分型,最后通过一般线性模型(GLM)对基因型与生长指标进行相关性分析。结果表明,番禺群体F1代生长速度显著高于高要群体F1代(P<0.05);从两个尼罗罗非鱼群体的GHSR基因中共获得5个SNPs位点:S1(A-409G)、S2(G-424T)、S3(T-553A)、S4(T-1114A)和S5(A-1168C),且均分布于该基因5′侧翼区。SNPs基因型与尼罗罗非鱼F1代生长指标关联性分析结果表明,当S4位点为AA或AT基因型时,尼罗罗非鱼个体的体重、体长、体高、头长、尾柄长和尾柄高等生长指标均显著大于S4位点基因型为TT的个体(P<0.05),生长较快的番禺群体F1代中S4位点AT基因型频率最高(55%),而在生长较慢的高要群体F1代中TT基因型频率最高(75.94%)。5个SNPs位点不同基因型组成7种双倍型,其中D3和D5双倍型个体的体重、体长、体高、头长、尾柄高等生长指标显著高于D4和D7双倍型个体(P<0.05);而D1(体宽除外)、D2(体宽和尾柄长除外)和D6(体高除外)双倍型个体与其它双倍型个体之间在生长指标上均无显著差异(P>0.05)。番禺群体F1代和高要群体F1代中的优势双倍型分别为D3双倍型(46.25%)和D4双倍型(35.44%)。综上所述,尼罗罗非鱼GHSR基因中S4位点及双倍型D3和D5与快长密切相关,可作为尼罗罗非鱼分子标记辅助育种的候选标记。更多还原