基于转录组测序的蝴蝶兰微卫星特征分析

【作者】 肖文芳； 李佐； 陈和明； 吕复兵；

【机构】 广东省农业科学院环境园艺研究所； 广东省园林花卉种质创新综合利用重点实验室；

【摘要】 蝴蝶兰基因组复杂且高度杂合,分子辅助育种成为其育种的必然发展方向。目前原生种蝴蝶兰‘小兰屿蝴蝶兰’的基因组测序完成,也有个别品种的转录组测序完成,但是蝴蝶兰功能基因组SSR标记的开发还非常有限。以蝴蝶兰品种‘满天红’及其花色突变体的花苞和花瓣为研究材料,利用Illumina HiSeq^TM2000测序平台进行高通量测序,利用MISA程序对得到的序列信息进行SSR位点搜索,查找2⁶碱基重复的微卫星,其中参数设置为:二碱基重复最短为6个重复,三碱基重复最短为5个重复,四碱基重复最短为4个重复,五碱基重复最短为4个重复,六碱基重复最短为4个重复。复合SSR两个位点间的最大间隔碱基数为100。搜索到SSR的序列共6 289条,得到7 077个SSR,其中有694条序列不止含一个SSR。微卫星序列主要以二碱基重复单元为主,共3 568个,占50.4%,其次为三碱基重复单元,占39.3%,五碱基重复单元最少,只占1.75%。二碱基重复中,以6个重复为主,占二碱基重复单元总数的33.66%,而三碱基重复单元中以5个重复为主,四碱基、五碱基和六碱基重复单元中均以4个重复为主。在所有重复类型中,最主要的优势重复单元为AG/CT,占所有类型的31.8%,其次为AT/AT,占所有类型的12.9%,三碱基重复类型中的AAG/CTT也为优势重复单元,占10.4%。分析发现,蝴蝶兰微卫星长度变化与重复单元长度呈负相关（P<0.05）,相关系数为-0.759,这表明蝴蝶兰基因组中重复单元较长的微卫星变异速率比重复单元较短的微卫星变异速率慢,相对较为稳定。更多还原