中国樱桃(Prunus pseudocerasus)叶绿体全基因组序列特征分析

【作者】 陈涛； 陈清； 张勇； 罗娅； 汤浩茹； 王小蓉；

【机构】 四川农业大学园艺学院； 四川农业大学果蔬研究所；

【摘要】 中国樱桃(Prunus pseudocerasus Lindl.)叶绿体基因组具有母系遗传特性,且具有保守的结构和较大的序列变异。在蔷薇科果树中也有较多物种的叶绿体全基因组的报道。明晰各物种叶绿体全基因组序列特征对于深入研究物种的系统发育和解读栽培作物起源驯化等具有重要意义。以来自河南洛阳的优异中国樱桃单株(Ly0)为材料,利用二代高通量测序技术(Illumina Genome Arnalyzer IIx platform)对其叶绿体全基因组序列进行测定、组装和注释,并与近缘物种进行序列比较,以期明确其叶绿体全基因组结构和序列特征。中国樱桃叶绿体基因组总长度为158 933 bp,具有典型的四分体结构,包括两个反向重复区域(IRs,26 379 bp),一个大单拷贝区(LSC,87 033 bp)和一个小单拷贝区(SSC,19 142 bp),其GC碱基含量为36.7%。注释结果显示,该基因组总共编码114个基因,占基因组总长度的59.49%,包含81个蛋白编码基因、4个rRNA基因和29个tRNA基因。其中反向重复区包含20个基因(9个蛋白编码基因、7个tRNA基因和4个rRNA基因)。所有编码基因中16个基因含有一个内含子区域,2个编码基因中含有2个内含子区域。与李亚科(Prunoideae)已报道物种的叶绿体基因组比较表明,中国樱桃与其近缘物种的叶绿体基因组在结构、编码基因的数量及GC含量等方面具有较高相似性,但总序列及各分区的序列长度存在较大差异。更多还原