小麦7DL染色体参考序列/人工分子(pseudomolecule)组装

【作者】 王乐； 聂小军； 童维； Simkova Hana； Safar Jan； Dolezel Jaroslav； Rudi Apples； Mingcheng Luo； 宋卫宁；

【机构】 旱区作物逆境生物学国家重点实验室； 国家小麦改良中心杨凌分中心,西北农林科技大学农学院； Laboratory of Molecular Cytogenetics and Cytometry,Institute of Experimental Botany Sokolovska 6 CZ-77200 Olomouc Czech Republic； Murdoch University； Department of Plant Sciences,University of California；

【摘要】 基于国际小麦基因组测序协作组织的合作,我们构建了小麦7DL染色体物理图谱,挑选出了4457个MTP克隆,contigN50为348KB。对这些克隆采用二代测序,组装获得了1454个scaffold,最长scaffold达到2.1Mb,scaffold的N50达到391kb,N90为108kb,拼接序列总长为391Mb,覆盖了整个染色体臂的82%,基本完成了小麦7DL的序列草图。为了验证BAC组装的正确性和准确性,我们应用了单分子测序(PacBio),确认了二者组装结果的可靠性。我们对这些scaffold用遗传标记进行了锚定。对组装序列的注释表明,7DL染色体重复序列占整个组装序列的62%以上,进一步的序列分析工作正在进行中。更多还原