稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布

【作者】 李成云； 李进斌； 周晓罡； 董爱荣； 许明辉；

【机构】 云南省农业科学院生物技术研究所农业部南方高原农业生物技术重点实验室； 云南省农业科学院植物保护研究所；

【摘要】 本文利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果,对该植物病原真菌基因组中的微卫星(SSR)的类型、大小及分布进行了系统地分析。结果表明,在已经公布的37.89Mb的基因组序列中,共有16,398个由1-6个核苷酸为基序的SSR序列(匹配值为80%),其总长度占整个基因组碱基数的0.87%,平均2.31kb碱基中就分布有一个大于15 bp的SSR。其中数量最多的单碱基重复,数量达到4,392个,其次为三碱基重复序列(3,586个),五碱基重复序列(3,442个),这三种SSR总数达11420个,占SSR的69.7%。数量最少的是二碱基重复序列,只有680个。在整个基因组中的主要基序有A,AG,AC,ACG,AGC,AAG,GGC,ACCT,,ATCC,AAAG,AAAAG,AAAAT,AAAAC,AAAAAG,AAAAAT和AACTAG。有的基序类型则完全没有出现。对不同超级连锁群的分析结果表明,各连锁群之间的SSR分布有一定差异,但总体上仍是较为均衡的。这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础。更多还原