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江苏水稻黑条矮缩病病毒的RT-PCR检测

Detecting and Analysis of Rice Black Stripe Dwarf Virus (RBSDV) on Rice in Jiangsu Province by RT-PCR

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【作者】 杨杰王军陈志德仲维功

【Author】 YANG Jie WANG Jun CHEN Zhi-de ZHONG Wei-gong (Institute of Food Crops,Jiangsu Academy of Agricultural Sciences,Nanjing 210014,China)

【机构】 江苏省农业科学院粮食作物研究所

【摘要】 为了明确江苏新发生的矮缩病害为水稻黑条矮缩病毒病,采用 RT-PCR 和序列测定方去对其病原进行了精确鉴定。根据水稻黑条矮缩病病毒基因组序列的信息,设计扩增 RNA 聚合酶基因、外壳蛋白基因和 RNA 沉默抑制子基因以及核心蛋白基因部分编码区的4对引物,提取感染水稻黑条矮缩病病毒的水稻植株总 RNA 并进行 RT-PCR 扩增,可以在感病植株中分别扩增出稻黑条矮缩病病毒基因组特有的4个条带。测序结果表明,来源于江苏南京的分离物的4个基因部分编码片段与已登录的对应基因片段核苷酸序列同源性达99%以上,共发现7个碱基的突变。经生物信息学分析,7个单碱基突变都是同义突变,氨基酸序列没有改变。根据以上结果确认该病病原为水稻黑条矮缩病病毒。利用该方法可以对水稻和其他寄主进行早期病毒检测。

【Abstract】 To find out whether rice dwarf disease which has caused yield loss in Jiangsu Province in recent years was caused by rice black stripe dwarf virus(RBSDV),four pairs of primers to amplify RNA dependent RNA polymerase,the coat protein core protein and silencing suppressor of RBSDV were designed.Four bands with about 200 bp to 300 bp were obtained in infected rice plants by RT-PCR.The separate segment was ligated to pGEM-T-easy vector,then sequenc.ed with M13 primers. Their identities to rice black-streaked dwarf virus were higher than 99% and seven synonymous substitution were found.Based on these resuhs,it is suggested that the virus which causes rice dwarf disease in Jiangsu is RBSDV.The identification of RBSDV in the small brown planthopper (Laodelptuzx striatellus),rice and other host plants is of great importance for the disease forecasting. This approach can be used for early detection of RBSDV in infected rice and other host plants.

【基金】 国家科技支撑计划重大项目(2006BADO2A03);江苏省自然科学基金项目(BK2006159);江苏省农业科学院基金项目[6110703、6510806、XC(07)603]
  • 【会议录名称】 第五次全国植物分子育种代表大会暨学术交流会论文集
  • 【会议名称】第五次全国植物分子育种代表大会暨学术交流会
  • 【会议时间】2008-09
  • 【会议地点】中国江苏南京
  • 【分类号】S435.111.4
  • 【主办单位】中国生物化学与分子生物学会农业分会植物分子育种专业委员会
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