基于核酸序列的HLA基因定型软件的初步研究

【作者】 克丙申； 周胜利； 黄象艳； 周仲玲； 徐军； 齐法莲；

【机构】 济南军区总医院免疫科； 山东脐血中心；

【摘要】 目的研究建立使用个体HLA基因核酸序列做出个体基因型别判定的技术方法。为组织、器官移植、疾病与HLA基因相关性等临床与基础研究提供准确的基因型别判定技术手段。方法利用国际上公布的HLA基因核酸序列,建立等位基因与基因型核酸序列数据库,使用C语言开发适合使用个体HLA基因核酸序列与数据库比较定型分析的计算机软件。结果根据个体HLA基因核酸序列的特点,利用国际上公布的HLA基因核酸序列资料,建立了等位基因与基因型核酸序列数据库,使用获得的个体Ⅱ类抗原HLA-DPB1、HLA-DRB1基因第二外显子核酸序列、1类抗原HLA-A,HLA-B第二、三、四外显子核酸序列以及国际上公布的HLA各等位基因基因核酸序列,利用开发的HLA基因定型软件可以准确的确定个体及相应的HLA各位点核酸序列的基因型与等位基因。并已在少数单位开始投入使用。该项技术在使用方面比PE公司的同类软件操作更简便,更易掌握。讨论由于HLA(humanleucocyte anfigen)与人类多种疾病的发生、发展、移植的器官、组织的存活等高度相关,以及在法医上的个体识别方面的高度特异性,该领域的研究早己是国际上的热点之一。HLA定型技术己由传统的血清学技术经过限制性片段多态性(RFLP)、PCR探针杂交、特异性引物扩增(SSP-PCR)等基因定型技术阶段后,正在向直接核酸序列分析定型的技术发展或转变,2002年即将召开的第十三届国际组织相容性会议资料中,会有许多这方面的资料介绍。目前美国、瑞典都随他们的核酸序列分析仪器在世界上推出他们完整的基于核酸序列的HLA基因定型系统。关键技术是分析软件与数据库,我们已完成了基本的技术研究。该项技术可以方便的安装到计算机中以供使用。有核酸序列分析仪器的单位,如果愿意开展该项技术可以配合我们的软件系统,建立先进的基于核酸序列的HLA基因定型技术,为组织、器官移植及其它基础研究提供准确的定型结果。在获得HLA基因测序模板方面,可以直接使用PE公司或者Pharmacio公司的试剂合,或者应用根据文献提供的各引物序列,使用PCR技术制备。我们使用第十一届国际组织相容性会议资料提供的引物序列,成功的测定了一些中国人HLA-DPB1基因第二外显子核酸序列,我们也成功的设计了HLA-DPB1基因第三外显子核酸序列扩增的引物。更多还原