鲤EST-SSR标记的开发及跨种扩增研究

【作者】 王丹； 廖小林； 俞小牧； 程磊； 王春艳； 游翠红； 童金苟；

【机构】 中国科学院水生生物研究所； 淡水生态与生物技术国家重点实验室；

【摘要】 本研究主要运用生物信息学方法,结合适当的分子生物学和遗传学实验验证, 进行筛选开发鲤EST数据库中的微卫星标记(EST-SSR)以及在近缘种类中的扩增研究。在1万余条鲤EST中序列中,共发现SSR 555个(5．5％),其中二碱基和三碱基重复次数最多,在所有含SSR序列的鲤EST数据库中分别占37．18％和30．81％。根据筛选得到的EST-SSR序列,初步设计合成了60对EST-SSR引物,在鲤、鲫和链中的多态性分别是42％、18％和5％。25个EST-SSR位点在洞庭湖鲤鱼群体中的观测杂合度为0．13-1．00, 期望杂合度0．12-0．91,平均等位基因数7个;其中,19个EST-SSR位点符合哈迪- 温伯格平衡(HWE),6个位点偏离HWE平衡。这些研究结果表明,本研究所开发的EST-SSR 标记适合群体遗传学和比较基因组作图的研究。更多还原