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15个猪品种中SLA-DRA基因第2外显子、第2内含子SNPs分析新等位基因发现及与免疫性状的关联
【作者】 刘榜; 杨金娥; 余梅; 樊斌; 彭中镇; 熊统安; 李奎;
【机构】 华中农业大学动物科技学院动物分子生物学与育种实验室;
【摘要】 根据猪的SZA-DRA基因cDNA序列和人HLA-DRA基因的基因组序列设计引物,成功扩增了猪SLA-DRA基因的一个705bp的片段,其中包括大部分的第2外显子,全部的第2内含子和少部分第3外显子。对中外15个猪品种140个个体所测得的第2外显子231bp长的核苷酸序列进行分析,发现有三个碱基的突变,分别位于SLA-DRA读码框中的190(G→A)、363(C→A)和374位(C→T),其中190位核苷酸变异引起第38位氨基酸的改变(Ser→Ash),363位的核苷酸变异引起了96位氨基酸改变(Leu→Met),374位的突变未引起氨基酸的改变。突变发生频率分别为3.57%(G→A),78.93%(C→A),5.36%(C→T),通过与GenBank中该基因的序列进行比对,发现2个新等位基因,分别命名为SLA-DRA002,SLA-DRA003。SLA-DRA002是38位氨基酸发生变异,SLA-DRA002是96位氨基酸发生变异。将本研究中的第2外显子编码的氨基酸序列与9种哺乳动物相应片段进行比对,发现38位氨基酸大多是Asn,96位氨基酸在物种间具有保守性,9个物种在该位点均为Met,进一步利用Clustal W分析、UPGMA聚类法构建了DRA基因的进化树。在15个品种中分析了SLA-DRA第2外显子和第2内含子的核苷酸序列变异,分别进行了聚类分析,聚类结果反映出SLA-DRA基因第2外显子和第2内含子在品种间序列的相似性程度。进一步对新等位基因SLA-DRA003在通城猪,长大通和大长通三元杂种猪中进行PCR-SSCP检测,并进行基因型与免疫性状间的关联分析,发现SLA-DRA的PCR-SSCP基因型与猪红细胞计数、白细胞计数、血细胞压积、平均血细胞容积、平均血细胞血红蛋白量等免疫指标存在关联,可作为猪抗病育种的分子标记。
- 【会议录名称】 湖北省暨武汉市生物化学与分子生物学学会第七届第十四次学术年会论文摘要集
- 【会议名称】湖北省暨武汉市生物化学与分子生物学学会第七届第十四次学术年会
- 【会议时间】2003-08
- 【分类号】S828
- 【主办单位】湖北省科学技术协会