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基于基因型选择提高QTL作图的精度——以一个RIL群体为例

Improving QTL mapping resolution using genotypically selected samples——a case study with a RIL population

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【作者】 严建兵汤继华孟义江马西青滕文涛Subhash Chander李林李建生

【Author】 YAN Jian-Bing Tang Ji-Hua Meng Yi-Jiang Ma Xi-Qing Teng Wen-Tao Subhash Chander Li Lin Li Jian-Sheng National Maize Improvement Center of China,China gricultural University,Beijing 100094 China

【机构】 中国农业大学国家玉米改良中心

【摘要】 以一个 RIL 群体为例,通过基因型选择和随机选择的办法产生了一系列大小不等的亚群体,比较了两类群体 QTL 定位的结果。分析表明:相同大小的基因型选择群体与随机群体相比性状的表型分布和标记的偏分离情况没有明显的差别,但表现出更高的 QTL 检测能力,更好的灵敏性和特异性,以及更高的 QTL 精度。同时,随着选择强度越大,效果越明显。目前 QTL 定位研究中,基因型数据较表型数据而言更容易准确获得,因此通过基因型选择可以更好的优化群体结构,减少田间试验的工作量,提高全基因组水平 QTL 作图的精度,为随后的 QTL 辅助选择和精细定位以及克隆提供帮助。

【Abstract】 We compared the QTL mapping results with the genotypically selected and random samples of the same size based on a RIL population.The results demonstrated that there were no obvious differences in the trait distribution and marker segregation distortion between the genotypically selected and random samples with the same size.But significant increase in QTL detection power,sensitivity,specificity,and QTL resolution in the genotypically selected samples were observed.Moreover,the highly significant effect was detected in small size of selected samples.In QTL mapping,phenotyping is a more sensitive limiting factor than genotyping so that the selection of samples is an attractive strategy for increasing genome-wide QTL mapping resolution.The efficient selection of samples should be more helpful for QTL maker assistant selection,fine mapping and QTL cloning.

【基金】 国家重大基础研究项目(2001CB108801)资助~~
  • 【会议录名称】 中国作物学会2005年学术年会论文集
  • 【会议名称】中国作物学会2005年学术年会
  • 【会议时间】2005-09
  • 【会议地点】中国北京
  • 【分类号】S513
  • 【主办单位】中国作物学会、中国农业大学农学与生物技术学院
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