一项基因组SNP全扫的连锁不平衡分析研究

【作者】 林智明； 廖泽涛； 胡栽颖； 张艳丽； 李秋霞； 魏秋静； 曹双燕； 古洁若；

【机构】 中山大学附属第三医院风湿科；

【摘要】 目的使用仅患者资料的连锁不平衡分析高密度SNP芯片扫描的家系资料的结果,分析强直性脊柱炎的疾病及其临床表型的易感区域。方法纳入10个广东人的AS家系,所有的受试者均签署知情同意书,并从他们的外周血的白细胞中提取DNA用于IlluminaHuamHap 610-Quad SNP芯片扫描。使用Illumina BeadStudio 3.2软件得到每个样本的基因型资料。用PLINK软件(Purcell et al.,2007)进行数据的格式和质量的控制,其中设定最小等位基因频率小于0.01。如果有几个SNP间的连锁的r2>0.3,则只保留一个。使用仅患者资料的连锁不平衡分析(包括非参数分析和参数分析)疾病和临床表型的易感区域,具体使用MERLIN软件(Abecasis et al.2002)。软件中的专门的等位基因的频率参数的数据来自980广东人的资料。结果纳入了10个家系中78确诊的AS病人:平均年龄是39.47±15.79岁,平均起病年龄是22.69±9.62岁,平均病程是16.74±12.16年,男女比例是1.6:1,2(2.86%)例虹膜炎,5(6.41%)例腊样指,9(11.54%)例髋关节受累,22(28.21%)例外周关节炎,69(88.46%)炎性腰背痛,70例(89.74%).HLA-B27阳性。Merlin软件分析后,非参数和参数连锁不平衡分析结果提示AS疾病本身、炎性腰背痛和HLA-B27在6p2 1上均有相似的易感区域(从30177504到32154253,约19.8MB)。结论10个AS家系的基因组SNP全扫的连锁不平衡分析提示6p21是AS的易感区域,同时也是炎性腰背痛的易感区域。更多还原