低成本、高通量全基因组SNP筛查分型技术及其在扇贝育种中的应用

【作者】 王师； 侯睿； 付晓腾； 焦文倩； 张玲玲； 胡晓丽； 包振民；

【机构】 海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室中国海洋大学海洋生命学院；

【摘要】 单核酸位点变异多态性(SNP)是后基因组时代开展遗传性状分子解析,构建高精度遗传连锁图谱的主流标记之一。随着基因组测序成本的快速下降,开发基于下一代测序平台的非模式生物的全基因组SNP基因分型技术日益迫切。这里,我们报告两个新的SNP筛查分型技术:一种是低成本、高通量的全基因组SNP de novo基因分型技术,该技术不需预先知道基因组信息;另一种是对已知SNP位点的大规模多位点基因分型技术。两种技术均有很高的分型准确率,可达97%以上,并具有很好的可重复性。应用上述技术,我们构建了栉孔扇贝(Chlamvs farreri)的精细遗传连锁图谱(>1400 SNPs.图距0.93cM)和虾夷扇贝Yesso scallop(Patinopectenvessoensis)的精细遗传连锁图谱(>1 300 SNPs,图距1.1 3cM).并对全球分布的6种扇贝的系统发生和进化关系进行了分析。新的技术对海洋生物,特别是非模式生物的遗传学和基因组学研究,如高精度遗传图谱构建、QTL精细定位、全基因组关联分析、种群遗传结构和系统发生关系研究等提供了方便。更多还原