一株中国株的猪沙波病毒的全基因组分子结构和进化分析

【作者】 杨世兴； 张文； 沈权； 黄芬； 朱建国； 崔立； 杨志彪； 华修国；

【机构】 上海交通大学农业与生物学院；

【摘要】 猪沙波病毒最早是1980年在美国发现,近些年,亚洲的许多国家都有该病毒的报道。2008年,我们从该病毒引起的一起猪群肠道疾病爆发事件中分离并命名(Ch-sw-sav1)一株SaV,我们通过RT-PCR方法对Ch-sw-sav1进行全基因组扩增,测序后,用生物学软件分析病毒的全基因组序列和RdRp基因序列的进化关系,并更进一步分析具有21个碱基的插入序列ORF2 3′端的序列。序列分析结果表明,该毒株确定为基因Ⅲ型。病毒的全基因组除了3′端17个碱基的多聚腺嘌呤外,全长7541碱基,具有两个开放阅读框。ORF2 3′端21个碱基的插入序列区域为抗原型高的区域。通过抗原位点分析,我们推测21个碱基的插入序列或者点突变导致了此次猪肠道疾病的爆发。更多还原